Syphon Filter

Gabriel Logan y Lian Xing son agentes de La Agencia, tras la pista de Erich Rhoemer, un terrorista internacional. En agosto de 1999, el agente Ellis intentó infiltrarse en la operación de narcotráfico de Rhoemer en Guácimo, Costa Rica, pero fue descubierto y ejecutado por la ex agente del KGB Mara Aramov. Rhoemer ordenó entonces a Anton Girdeux, un mercenario francés, que quemara la plantación para ocultar las pruebas de su investigación sobre el Filtro Sifón.

En Washington, D.C., Edward Benton, el subdirector de la Agencia, informa de la misión de Logan al director de la Agencia, Thomas Markinson, y a un oscuro personaje sin nombre. Varias semanas después, Gabe y Lian investigan un misterioso brote vírico en el Himalaya, que sólo deja un superviviente. (Lian lo califica de imposible).

El juego comienza un mes después de los acontecimientos de Costa Rica. Rhoemer y sus terroristas han lanzado un asalto a Washington, D.C. Gabe derrota a Pavel Kravitch, el experto en comunicaciones de Rhoemer, lo que le permite entrar en el metro de Washington. Una vez dentro, un explosivo estalla dejando a Gabe atrapado bajo tierra. Persigue a Aramov y la atrapa en los túneles antes de dirigirse a un parque cercano para ayudar a desactivar varias bombas virales, donde se entera de que Aramov ha escapado de la custodia. En su camino hacia el Freedom Memorial, Gabe se enfrenta y derrota a Jorge Marcos, el gatillero de Rhoemer, antes de incinerar a Girdeaux.

Los resultados del laboratorio muestran que el Filtro Sifón es un arma biológica mortal de nueva generación, capaz de dirigirse a grupos demográficos específicos. Jonathan Phagan, director general y fundador de PHARCOM, asiste a una gala en su nuevo Museo Expo Center en la ciudad de Nueva York, donde es capturado por Aramov y Benton se revela como un agente doble. Gabe mata a Benton y libera a Phagan, pero Aramov, que es capturado, vuelve a escapar de la custodia.

Gabe va a la base secreta de Rhoemer en Rozova, Kazajistán. Mata al comandante de Rhoemer, Vladislav Gabrek, y destruye la base, pero Lian es capturado y presumiblemente asesinado por Rhoemer.

A continuación, Gabe es enviado a infiltrarse en la fortaleza de Rhoemer en Uzhhorod, Ucrania, que es una catedral abandonada. Inyectando a los pacientes virales con lo que está convencido de que es un antídoto, Gabe desciende a lo más profundo de la catedral para rescatar a Lian; quien explica que no hay un antídoto "global" para el virus. También encuentran a Phagan, que posteriormente es asesinada por Aramov. Ella decide ayudar a Gabe y a Lian, ya que no tiene otro lugar al que ir.

A continuación, Gabe se infiltra en los almacenes de PHARCOM en Almaty, Kazajistán, donde la seguridad de PHARCOM está luchando contra los hombres de Rhoemer. Gabe se entera de que Markinson, que había estado negociando en secreto con Rhoemer para obtener el Filtro Sifón para la Agencia, había hecho que Gabe inyectara a los pacientes con cloruro de potasio. Rhoemer revela que ha capturado un ICBM nuclear de la era soviética. Rhoemer dispara a Markinson e inicia la secuencia de lanzamiento del misil. Gabe no puede impedir el lanzamiento, por lo que su única esperanza es iniciar su secuencia de autodestrucción una vez que está en la atmósfera superior. Gabe destruye con éxito el misil. Rhoemer, furioso por la interferencia de Logan, se enfrenta a él en un último enfrentamiento. Gabe consigue matarlo y evitar la Tercera Guerra Mundial.

En una escena posterior a los créditos, la figura sombría del principio del juego sostiene una muestra de Syphon Filter dentro de la sede de la Agencia con Aramov, que se ríe.