Assassin's Creed: Director's Cut Edition

Desmond Miles, um barman, é raptado pela empresa Abstergo Industries para ser utilizado como sujeito de teste no "Animus", um dispositivo que pode simular a memória genética. Abstergo pretende colocar Desmond no dispositivo para recordar as memórias do seu antepassado, Altaïr Ibn-La'Ahad, membro da Irmandade Assassin no ano 1191, que viveu durante a Terceira Cruzada na Terra Santa. Inicialmente, Desmond tem dificuldades de adaptação ao dispositivo, mas acaba por reviver as façanhas de Altaïr ao longo dos dias seguintes. O jogo muda então principalmente para o ponto de vista de Altaïr, com transições ocasionais para Desmond, devido a problemas com o Animus ou início do Efeito Sangrento.

O jogo abre com Desmond a entrar na memória de Altaïr, mas ele logo enfrenta problemas de sincronização. Sobre isto, as vozes de Lucy Stillman e Warren Vidic podem ser ouvidas, discutindo sobre a segurança de Desmond dentro do Animus. Depois de experimentar alguns problemas, Desmond sai da máquina virtual e Vidic informa-o sobre o funcionamento interior do Animus, antes de inicializar o programa tutorial da máquina. Depois de Desmond terminar o tutorial, ele entra na memória sincronizável mais próxima de Altaïr; Lucy acrescenta que Desmond tem de reviver momentos chave da vida de Altaïr para aumentar a sua sincronização, antes de chegar à memória final que guarda a informação que Abstergo procura.

Altaïr é mostrado pela primeira vez a tentar recuperar um de uma série de artefactos conhecidos como os "Pedaços do Éden" do Templo de Salomão com a ajuda de Malik Al-Sayf, e do seu irmão Kadar, mas são detidos por Robert de Sablé, Grão Mestre dos Templários e inimigo jurado dos Assassinos. Enquanto recupera o tesouro, Altaïr quebra os três princípios do Credo dos Assassinos, numa tentativa de matar Robert, mas acaba por falhar. Na comoção seguinte, o irmão de Malik é morto, e o braço esquerdo de Malik é aleijado e mais tarde amputado. Quando Altaïr regressa ao bastião dos Assassinos em Masyaf com pedidos de desculpas, Malik, que sobreviveu de Sablé, regressa com o artefacto e denigre Altaïr por causa da sua arrogância.

Depois de derrotar por pouco um ataque de retaliação dos Templários, Al Mualim, líder dos Assassinos, demota Altaïr a um noviço, mas dá-lhe outra oportunidade de subir nas fileiras da Irmandade. Al Mualim atribui a Altaïr a tarefa de assassinar nove figuras-chave através da Terra Santa em Jerusalém, Acre e Damasco, com o objectivo de trazer a paz entre as forças Cruzadas e Sarraceno. Cada alvo é baseado numa figura histórica real da Terceira Cruzada, incluindo Majd Addin, Garnier de Naplouse, Jubair al Hakim, Abu'l Nuqoud, Sibrand, William de Montferrat, e Robert de Sablé.

Altaïr completa cada tarefa, aprendendo como cada alvo está ligado a Robert e aos Templários e como juntos pretendem acabar com as Cruzadas e colocar a Terra Santa sob o seu próprio controlo. Com homens de ambos os lados mortos, ele descobre que a última conspiração de Robert é tentar unir as forças cristãs e muçulmanas contra o seu novo inimigo comum, os próprios Assassinos. Altaïr derrota de Sablé perante Ricardo Coração de Leão, não conseguindo convencer o Rei de que o fim da guerra seria bem-vindo a ambos os lados, mas pondo fim à conspiração de Robert. De Sablé, Altaïr descobre que Al Mualim era ele próprio membro dos Templários e usou o Assassino para matar os outros membros que detinham o segredo do poder do tesouro, para que ele pudesse guardar o artefacto para si próprio de forma egoísta.

Altaïr regressa rapidamente a Masyaf e aproxima-se do seu mestre, que lhe revela a verdade: o Pedaço do Éden, que tinha recuperado através da ajuda de Altaïr directamente antes da sua transgressão, cria ilusões. Ele denuncia a religião e outros eventos aparentemente sobrenaturais (por exemplo, as Dez Pragas do Egipto, a separação do Mar Vermelho, e a presença dos deuses gregos na Guerra de Tróia) como ilusões causadas pela Peça, e depois declara a sua intenção de usar o artefacto para obrigar a humanidade a um estado de lavagem cerebral, e ao fazê-lo, trazendo um fim a todo o conflito; Altaïr é eventualmente capaz de ver através das decepções criadas pelo artefacto para matar Al Mualim. Quando Altaïr recupera o artefacto, o Pedaço do Éden activa-se, mostrando uma visão holográfica do mundo com numerosas localizações de outros Pedaços do Éden marcados em todo o globo.

Quando o processo estiver concluído, Desmond fica a saber que Abstergo é uma frente moderna dos Templários, e já estão à procura de outros artefactos em locais identificados nas memórias de Altaïr. Além disso, fica a saber que os Assassinos dos tempos modernos tinham tentado resgatá-lo antes de a memória ter terminado, mas que tinham falhado. Depois disto, Desmond seria morto após uma ordem de um Templário de alta patente, Alan Rikkin, mas Lucy Stillman salva-o da morte e, a dada altura, enfia o seu dedo anelar na palma da mão, referindo-se à tradição dos Assassinos de cortar o dedo.

Embora Desmond continue preso no laboratório Abstergo, a sua experiência no Animus criou um Efeito Sangrento da vida de Altaïr na sua própria vida, permitindo a Desmond utilizar a Visão da Águia de Altaïr, o que, por sua vez, lhe permite ver mensagens estranhas pintadas nas paredes do seu quarto e no chão do laboratório. Todas as mensagens tratam de várias formas do fim do mundo de diferentes culturas, incluindo várias referências a 21 de Dezembro de 2012, data em que a Abstergo planeia lançar um satélite que "terminará permanentemente a guerra". É sugerido que este método seria pelo mesmo método que Al Mualim hipnotizou Masyaf, apenas numa escala maior. Finalmente, o jogo termina com Desmond a perguntar-se o que significam todas as imagens e quem as poderia ter desenhado.