Syphon Filter

Gabriel Logan e Lian Xing são operacionais da Agência, no rasto de Erich Rhoemer, um terrorista internacional. Em Agosto de 1999, o agente Ellis tentou infiltrar-se na operação de narcóticos da Rhoemer em Guácimo, Costa Rica, mas foi descoberto e executado pela ex-agente do KGB Mara Aramov. Rhoemer ordenou então a Anton Girdeux, um mercenário francês, que incendiasse a plantação para esconder as provas da sua pesquisa do Syphon Filter.

Em Washington, D.C., Edward Benton, Director Adjunto da Agência, está a informar a missão de Logan ao Director da Agência Thomas Markinson e a uma figura sombria e sem nome. Várias semanas mais tarde, Gabe e Lian investigam um misterioso surto viral nos Himalaias, que deixa apenas um único sobrevivente. (Lian descreve isto como impossível).

O jogo começa um mês após os eventos na Costa Rica. Rhoemer e os seus terroristas lançaram um ataque a Washington, D.C. Gabe derrota Pavel Kravitch, perito em comunicações de Rhoemer, o que lhe permite entrar no Metro de Washington. Uma vez lá dentro, um explosivo explode deixando o Gabe preso no subsolo. Ele persegue Aramov, apanhando-a nos túneis antes de se dirigir a um parque próximo para ajudar na desactivação de várias bombas virais, onde fica a saber que Aramov escapou à custódia. A caminho do Memorial da Liberdade, Gabe assume e derrota Jorge Marcos, o gatilho de Rhoemer, antes de incinerarem Girdeaux.

Os resultados do laboratório mostram que o Syphon Filter é uma arma biológica mortal de próxima geração, capaz de visar demografias específicas. Jonathan Phagan, CEO e fundador da PHARCOM, participa numa gala no seu novo Museu Expo Center em Nova Iorque, onde é levado cativo por Aramov e Benton é revelado como um agente duplo. Gabe mata Benton e liberta Phagan, mas Aramov, que é capturado, escapa novamente à custódia.

Gabe vai para a base secreta do Rhoemer em Rozova, Cazaquistão. Ele mata o comandante de Rhoemer, Vladislav Gabrek, e destrói a base, mas Lian é levado cativo e presumivelmente morto por Rhoemer.

Gabe é então enviado para se infiltrar no bastião de Rhoemer em Uzhhorod, Ucrânia, que é uma catedral abandonada. Injectando doentes virais com o que ele está convencido ser um antídoto, Gabe desce mais fundo na catedral para salvar Lian; quem explica que não existe um antídoto "global" para o vírus. Encontram também Phagan, que é mais tarde morto por Aramov. Ela decide ajudar Gabe e Lian, uma vez que não tem mais para onde ir.

Gabe infiltra-se então nos armazéns PHARCOM em Almaty, Cazaquistão, onde a segurança PHARCOM está a lutar contra os homens do Rhoemer. Gabe fica a saber que Markinson, que tinha estado a negociar secretamente com a Rhoemer para obter o Syphon Filter para a Agência, tinha obrigado Gabe a injectar cloreto de potássio nos pacientes. Rhoemer revela ter capturado um ICBM nuclear da era soviética. Rhoemer dispara Markinson e inicia a sequência de lançamento do míssil. Gabe não pode impedi-lo de lançar, pelo que a sua única esperança é iniciar a sua sequência de autodestruição quando estiver na atmosfera superior. Gabe destrói com sucesso o míssil. Rhoemer, furioso com a interferência de Logan, engaja-o num confronto final. Gabe é capaz de o matar e evitar a Terceira Guerra Mundial.

Numa cena pós créditos, a figura sombria desde o início do jogo segura uma amostra do Syphon Filter dentro da sede da Agência com Aramov, que se está a rir.